Vjerske prilike su se snažno odražavale na društvene odnose u periodu bosanske državne samostalnosti. Stanovništvo je bilo kršćansko, s tom razlikom što je jedan dio pripadao zapadnoj – rimskoj crkvi, drugi, manji dio istočnoj – pravoslavnoj, a najveći dio tzv. bosanskoj crkvi koja je bila heretička. Ne postoje ni potpuni ni sasvim naučno provjereni podaci o stanju u tome pogledu, ali se ipak osnovne stvari mogu formulisati. Do druge polovine XI v. svu brigu o širenju i održavanju rimokatoličke crkve imala je biskupija u Splitu, koja se samo spominje, a nije poznato ni gdje joj je bilo sjedište ni ko su joj bili biskupi (vjerovatno u Fojnici ili u Kreševu, sa domaćim ljudima kao biskupima od polovine XII v.). Ova bosanska katolička biskupija ispočetka je bila u sastavu nadbiskupije u Splitu, kasnije u Baru, zatim je bila podređena nadbiskupu u Dubrovniku, a od polovine XIII v. kaločkoj nadbiskupiji sa sjedištem u Đakovu. Misli se da je u prvoj polovini XIII v. centar bio u Brdu u Vrhbosni (ne zna se tačno gdje je to), a malo iza toga je prensen u Đakovo, gdje je ostao sve do iza pada Bosne pod Turke. Dugo vremena je katoličanstvo u Bosni životarilo. U XIII v. su tu dominkanci koji se nisu snašli. Na prijedlog srpskog kralja Dragutina 1291. g., koji je kao mađarski vazal vladao Usorom i Soli, papa Nikola IV je u Bosnu poslao franjevce, koji su potisnuli dominkance i koji su, kao domaći ljudi, postepeno zadobijali povjerenje stanovništva, tako da su sredinom XV v. postigli veliki utjecaj na dvoru i uspijevali u progonu heretika. Franjevci su podigli niz crkvi i samostana. Tako se u XIV v. spominju crkve u Veseloj Straži, Trstionici, Fojnici, Jajcu, Vranduku, Kreševu i dr., a samostani u Jajcu, Fojnici, Visokom, Deževici, Milodražu (možda još i u XIII v.) i dr.
O pravoslavnim vjernicima postoje vrlo oskudni podaci. U XI v. spominju se pravoslavni samostani, iz čega proizilazi da je bilo i sljedbenika. U XIII v. priznavali su srpskog arhiepiskopa u Polimlju. Kada je kralje Tvrtko I zauzeo Polimlje i Podrinje 1376. g., ta episkopija postade Dabrobosanska. U XV v. sjedište joj je preneseno u Mileševo, a nakon pada pod Turke, u Sarajevo.
Egzistencija bosanske crkve počinje u drugoj polovini XII v. Izgleda da su klice heretičkog učenja prenijeli neki Bosanci koji su radi trgovine išli u Carigrad. Sigurnije je da su u tome pogledu više učinili prognani heretici iz Dalmacije, pred kraj toga vijeka, koji su uživali zaštitu u Bosni.. Među njima se ističu braća Matej i Aristodije, zlatari iz Zadra, koji su više puta boravili i radili u Bosni. Sasvim je vjerovatno da su i prognani srpski bogumili našli utočište u Bosni i tako doprinjeli širenju ove vjere. Poznati akt abjuracije Kulina bana i heretičkih starješina na Bilinom polju 1203. g. pred papinim legatom Kazamarisom, jasno govori da je broj tih vjernika tada bio velik i da je ozbiljno prijetio širenjem u susjedne zemlje. Međutim, to odricanje je bila samo mjera izbjegavanja opasnosti progona i uništenja koji im je tada prijetio. I pored pojačane akcije rimskog pape i ugarskih kraljeva da se unište heretici u Bosni i reorganizuje katolička crkva, XIII v. je period kada bosanska crkva snažno napreduje. Tada je i bosanska vlastela već pretežno bila heretička. Iako je bogumilsko učenje u osnovi bilo protiv vlastodržaca, u bosanskim uslovima je došlo do kompromisa. Naime, bosanska crkva nije imala svoje feude i u tome pogledu nije predstavljala konkurenta. S druge strane, opasnost od pape i Ugarske nije bila samo usmjerena na suzbijanje hereze nego i na oduzimanje zemalja od feudalaca i vladara, a u krajnjol liniji je išla na to da se Bosna kao samostalna država pokori i uništi. Zato su se i feudalci i njihovi kmetovi našli u zajedničkom frontu odbrane. Osim toga, starješine bosanske crkve su zbog svojih osobina i načinom života već bili popularni i poštovani, a zbog pismenosti i vještine uveliko su korišteni na dvorovima vladara i feudalaca. Vladari su općenito podržavali ili tolerirali bosansku crkvu, a njene velikodostojnike cijenili i njihov autoritet koristili u svojim političkim akcijama. Neki od njih su i sami bili heretici, kao npr. Kulin ban, Matija Ninoslav, a neki to svoje uvjerenje nisu uvijek ispoljavali, ili su ga prikrivali, naročito u svojim vanjskopolitičkim aktima. Tako se, npr., Tvrtko I na dvoru obično pojavljivao kao katolik, zaštićavao je heretike i kao takav bio optuživan kod pape, a krunio se u pravoslavnom manastiru Mileševu, zbog čega ga je jedan naš uvaženi istoričar smatrao pravoslavcem. Autoritet bosanske crkve je najčešće korišten kao garancija vladarevih obaveza prema vlasteli, zatim kao garancija ugovora vladara na vanjskopolitičkom sektoru, te kao posrednik ili presuditelj između između vlastele i dvora. Karakteristična je, npr., zakletva bana Stjepana II Kotromanića koju daje „pred djedom velikim Radoslavom i pred gostom velikim Radoslavom i pred starcem Radomirom…“, itd. U toj povelji se prvi puta spominje ime „bosanska crkva“. Ili slučaj kada je 1404. g. djed bosanske crkve angažovan da ispita spor između kralja Ostoje i vojvode Pavla Klešića, koji je bio sklonjen u Dubrovniku, kada je ustanovio da vojvoda nije kriv, pa je, po pristanku kralja, poslao u Dubrovnik delegaciju, u kojoj je učestvovao i starac Mišljen, da zamole vojvodu da se vrati i da uz garanciju ponovno uzme svoja oduzeta imanja.
Naprijed smo rekli da je i vlastela pretežno pripadala hereticima. To je bilo naročito izrazito u XIV v., ali još više u XV v. Tako su najugledniji feudalci bili patareni, kao što su: Hrvoj Vukčić, Sandalj Hranić, Pavle Radenović, tepčija Batalo, Herceg Stjepan i dr.
Tako je bosanska crkva imala povjerenje narodnih masa kao i povjerenje vlastele i dvora i postala je faktično državna vjera. Katolička crkva, koja je sve više akcija preduzimala, nije uspijevala da se nametne, najviše zbog toga što se oslanjala na Rim i Budim, koji su u očima Bosne bili omraženi. Međutim, bosanska crkva je ipak počela da gubi svoje pozicije. Pored ostaloga, tome je doprinosila okolnost da joj je organizacija inače bila labilna i da je, utjecajem uključene vlastele i privikavanjem vjerskih funkcionera na svjetovni život – služeći po dvorovima, primajući poklone i bogateći se – strogost vjerskih moralnih propisa shvaćana olako i sve liberalnije. Zatim, tome je doprinijela i okolnost što je bosanska crkva ostala izolovana i bez naslona na druge, van Bosne. Osim toga, sve veća opasnost od turaka izazivala je oslanjanje bosanskih vladara na Ugarsku i na Rim, kao najveće zaštitnike zapadnog kršćanstva, što je samim tim jačalo katoličku crkvenu organizaciju u zemlji i stvaralo povoljne uslove za njen sve jači utjecaj na državnu politiku. U posljednjim decenijama bosanske države ne samo da se riječ bosanske crkve nije više osjećala nego se posljednji kraljevi pridobijaju za progon heretika. Tako je za vrijeme Stjepana Tomaša, oko 1450. g., glavnina heretika, zajedno sa djedom i ostalim starješinama, morala da napusti Bosnu i pređe u Hercegovinu, gdje su imali zaštitu Hercega Stjepana. Ta gonjenja su nastavljana i kasnije. Mnogi su iz straha prešli na katoličku vjeru ili su se sklanjali na posjede feudalaca izvan Kraljeve zemlje. Propašću bosanske države nestaje i bosanske crkve. Pretpostavlja se da su heretici relativno lako prelazili na islam.
Šefik Bešlagić, Stećci centralne Bosne, Zavod za zaštitu spomenika kulture BiH, Sarajevo, 1967.